Duże organy w Bazylice Mniejszej p.w. Najświętszej Marii Panny w Sejnach, których wielkiej wartości artystycznej rokokowy prospekt mamy możliwość podziwiać, zbudowane zostały przez nieznanego organmistrza po 1762 r. lecz obecnie instrument ów już nie istnieje. Nie zachowały sie żadne przekazy historyczno-archiwalne mówiące cokolwiek o nim.
    Obecnie istniejące organy zbudował w roku 1907 Jonas Garalevicius, litewski organmistrz z Kowna, montując je w dawnej szafie. Mają one 36 głosów rozłożonych na 3 sekcje:
        - manuał I - 18 głosów
        - manuał II - 10 głosów
        - pedał - 8 głosów
    Założenia brzmieniowe instrumentu odpowiadają europejskim tendencjom z końca XIX i początku XX wieku, tzw. romantycznego budownictwa organowego, charakteryzującego sie predylekcją do głosów niskobrzmiących, 8 i 16 stopowych, z wyraźnym uszczupleniem roli głosów alikwotowych i mikstur. Wszystkie piszczałki prospektowe są niegrającymi atrapami, co jest bardzo korzystne dla trwałości stroju.
    Na bocznym chórze w nawie północnej znajduą1 sie małe 6-głosowe organy, których konstrukcja wskazuje na pochodzenie również z warsztatu Garaleviciusa.
    W latach powojennych organami sejnenskimi zajmowały sie firmy organmistrzowskie Dymitra Szczebaniaka z Łodzi i Zygmunta Kamińskiego z Warszawy. Ten ostatni dokonał pewnych zmian w dyspozycji organów, mających na celu rozjaśnienie brzmienia. Oryginalne piszczałki metalowe pochodzą z firmy Eugen Braun Spaichngen, natomiast drewniane najprawdopodobniej z warsztatu budowniczego. Jest to, ogólnie rzecz biorąc, dobrze zbudowany instrument, którego brzmienie jest w stanie dostarczć takich wrażeń estetycznych słuchającemu, jak niezwykłej piekności prospekt oglądającemu go.
    Prace renowacyjne przeprowadzone przed pierwszym festiwalem organowym w 1993 roku miały na celu doprowadzenie instrumentu do stanu odpowiadającego wymaganiom dla celów koncertowych. Wykonawcą tych prac była firma Olgierda Nowakowskiego z Zabrza.